O Programa de Pós-graduação em Sistemas e Computação da Universidade Federal do Rio Grande do Norte iniciou suas atividades com um curso de mestrado em 1995. Seu objetivo principal é a formação de profissionais de alto nível na área de computação, tanto para o ensino superior como para a pesquisa. O curso foi resultado de um processo de capacitação docente iniciado pelo Departamento de Informática e Matemática Aplicada em 1987.

Em dezembro de 1998, obteve a recomendação da CAPES, com o conceito inicial de 3.

A fim de melhorar o seu conceito a partir do triênio 2004, foram estabelecidas diversas regras, visando alcançar as exigências de qualidade do MEC, como a diminuição do tempo máximo de conclusão e o credenciamento anual dos docentes.

No primeiro semestre de 2007, o Programa submeteu à CAPES um projeto de Curso de Doutorado em Ciência da Computação. O projeto foi aprovado na 97a reunião do Comitê Técnico e Científico da CAPES, com o conceito 4. As atividades do Curso de Doutorado iniciaram em fevereiro de 2008. Em outubro de 2007, como resultado da avaliação do triênio 2004-2006, o PPgSC/UFRN recebeu conceito 4.

Durante dois triênios (2004-2006 e 2007-2009) o Programa recebeu o conceito 4, tendo sido, em ambas oportunidades, destacado nos Relatórios do Comitê de Área da Ciência da Computação que o PPgSC possui índices compatíveis com programas de nível 5. O conceito 5 foi concedido ao PPgSC na avaliação trienal 2010-2012.